Сначала Гончаренко поднимался вверх по карьерной лестнице: дубль БАТЭ - основная команда БАТЭ - Кубань - Урал - старший тренер ЦСКА - Уфа - Главный тренер ЦСКА.

В марте 2021 года ЦСКА прекратил сотрудничество с белорусским тренером. Пошло движение вниз. 

Под руководством специалиста команда одержала 82 победы в 167 матчах, выиграла Суперкубок России, дважды становились серебряными призерами чемпионата России, а также дошла до четвертьфинала Лиги Европы в сезоне 2017/18.

Гончаренко стал главным тренером ФК "Краснодар", но и в этой должности он продержался недолго. Из "Краснодара" Гончаренко уволили в январе 2022 года.

Под руководством Гончаренко после 18-ти туров "чёрно-зелёные" расположились на пятом месте в турнирной таблице Российской премьер-лиги, набрав 29 очков и отставая на два балла от третьего места и на девять — от лидирующего "Зенита".